PRK دارای عوارض مختلفی بوده از جمله:
۱- درد شدید برای حدود ۲ تا۳ روز که البته با قطره ها و داروهای مسکن قابل کنترل می باشد. استفاده از لنز پانسمانی که بطور موقت بر روی قرنیه گذاشته می شود نیز در کاهش درد موثر می باشد.
۲- تاری دید که حتی یکماه نیز ممکن است بطول بیانجامد.
۳- امکان کمتر جراحی همزمان هر دو چشم با هم که گاهی تا یکماه رعایت فاصله بین دو چشم مورد نیاز می¬باشد.
۴- خطر بیشتر عفونت در روش PRK نسبت به لیزیک،‌ چون سطح وسیعتری از قرنیه برداشته می شود (که در لیزیک تنها بصورت خط باریکی در لبه برش از سطح قرنیه برداشته می شود.)
۵- خطر ایجاد کدورت قرنیه به خصوص در شماره های بالاتر از ۴ تا ۵ که خطر به وجود آمدن کدورت درPRK بیشتر از لیزیک می باشد و این مشکل پس از لیزیک بسیار نادر است. امروزه با استفاده از داروی ((میتومایسین)) همزمان با PRK خطر ایجاد کدورت نیز کاهش یافته است.